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DAP-seq (DNA亲和纯化测序)

DAP-seq (DNA亲和纯化测序)

在全基因组水平,检测某个DNA结合蛋白的分布。

ChIP-seq的一种替代方案,在体外重组表达转录因子蛋白,与基因组DNA相互作用,对与重组蛋白结合的DNA测序,分析获得蛋白结合的基因位置,以及特异的DNA基序(motif)。由于不需要特异抗体、以DNA与蛋白质的固定,比起ChIP-seq降低了实验的技术要求。由于是体外互作实验,在分析时需要引入对照,并且与其他方法联合分析。


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在全基因组水平,检测某个DNA结合蛋白的分布。

ChIP-seq的一种替代方案,在体外重组表达转录因子蛋白,与基因组DNA相互作用,对与重组蛋白结合的DNA测序,分析获得蛋白结合的基因位置,以及特异的DNA基序(motif)。由于不需要特异抗体、以DNA与蛋白质的固定,比起ChIP-seq降低了实验的技术要求。由于是体外互作实验,在分析时需要引入对照,并且与其他方法联合分析。


在过去的表观遗传学研究中,转录因子调控位点的发掘一直是一个难题,ChIP作为一个经典的技术存在很多弊端,通量小,抗体不特异都是难以解决的问题,对于育种学家研究的非模式植物就更难入手了。Ecker和他的同事们想快速完全绘制出数百或甚至数千已知转录因子的结合位置图谱,因此他们需要一种更快速的方法来绘制这些位点,来获得这一顺反组图谱。他们构建出了一个新系统,在这一系统中他们可以将一个标记的转录因子添加到DNA文库中,让它随机结合DNA,随后再分离出所有配对DNA-蛋白,这种方法叫做DNA亲和纯化测序(DAP-seq)DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验技术,是研究非模式植物的顺反组的一把利刃。rnt

这种方法的优点在于可用于所有的植物,其中许多植物都没有在拟南芥中可使用的工具。这为我们提供了一扇窗口,了解调控序列中的遗传或表观遗传变异影响它们性状的机制。本实验室先后在水稻,小麦,玉米,苜蓿,大豆,百脉根等物种里面开展了实验,建立了标准的流程体系,现具备18个家族,100多了转录因子的实战经验。

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