在全基因组水平，检测某个DNA结合蛋白的分布。

是ChIP-seq的一种替代方案，在体外重组表达转录因子蛋白，与基因组DNA相互作用，对与重组蛋白结合的DNA测序，分析获得蛋白结合的基因位置，以及特异的DNA基序（motif）。由于不需要特异抗体、以DNA与蛋白质的固定，比起ChIP-seq降低了实验的技术要求。由于是体外互作实验，在分析时需要引入对照，并且与其他方法联合分析。