1、DAP-seq的实验原理

将转录因子的基因序列插入含有亲和标签的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，表达的转录因子就带有亲和标签；提取样品的基因组DNA构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库在体外进行结合，随后再分离出所有配对的DNA-蛋白。

2、DAP-seq和ChIP-seq的区别

DAP-seq是将蛋白在体外表达出来，然后和DNA在体外进行结合，再进行后续实验；

ChIP-seq是将蛋白和DNA在体内进行结合，然后利用能和蛋白特异性结合的抗体把DNA纯化出来，再进行后续实验，所以ChIP-seq应用的难点就是找到和蛋白特异性结合的抗体，所以限制了ChIP-seq的应用。

3、实验的成功率怎么样

成功率和转录因子的家族有关

4、为什么有些基因家族的成功率为0

这些基因家族的风险比较高，但不是绝对的，所以我们会做一份可行性分析报告供您参考。

5、一些特殊的样品能不能做，有没有风险

有两种情况的样品是不能做DAP-seq实验的，一种情况是没有参考基因组，另一种情况是转录因子不能在体外表达出来，除此之外，我们会做可行性分析报告供您参考。

6、标准结果分析能做成什么样

结果分析分为两部分，一部分是基因list，是转录因子调控的下游基因，另一部分是motif，是预测的转录因子结合位点的序列。

7、客户自己需要准备什么材料，对材料有什么要求

新鲜组织样本（5 g，每增加1个转录因子材料增加1 g）/DNA(5 μg，每增加1个转录因子DNA增加1 μg）

含转录因子序列的质粒/已构好的蛋白表达载体（至少8 μg，浓度为200 ng/μl

干冰运输

8、关于价格的问题

一个转录因子的价格是12000，包括构建蛋白表达载体、体外蛋白表达、DNA建库、亲和纯化、上机测序和标准数据分析，如果构建蛋白表达载体您自己做的话，可以减1000元，而且我们会提供免费的标准质粒，操作方法和引物设计。

9、蛋白表达，一般用GFP作对照，你们为什么用Input（IP前的文库）作对照

在开发DAP-seq实验的时候，我们分别进行了4种阴性对照实验：空磁珠、Luciferinase、GFP蛋白和Input（IP前的文库），结果发现：空磁珠、Luciferinase、GFP蛋白作阴性对照的结果均为对DNA没有特异性结合，和Input作对照的结果一样，而选用Input作为对照最节省时间，所以最后选用Input（IP前的文库）作对照。

10、转录因子上加标签会影响它和DNA的结合吗

现在这个标签是加在转录因子的N端，有的蛋白加在N端是不影响蛋白结构或者是DNA和蛋白的结合的，但是不排除有一些蛋白在C端加标签的影响，刚开始做DAP-seq（Cell那篇文章）是把标签加在N端，我们一直延续了这个做法，也是加在N端，一般成功的家族是不影响的，但是一些有风险的家族，客户要求把标签加在C端，也要承担这个风险，目前把标签加在C端还是N端对它成功率的影响未知。