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DAP-seq实验用到的蛋白表达系统是promega公司的TNTSP6 Wheat Germ Master Mix表达系统(promega L326A),一种体外真核蛋白表达系统。体外表达用到的载体为promega公司的pFN19K HaloTag® T7 SP6 Flexi® Vector(promegaG184A)。本篇为大家介绍一套超高性价比的载体构建方案:
Part
1
线性化载体
此步骤是通过PCR扩增来线性化载体,PCR后需要切胶回收降低假阳性。
P-T7sp6-R(线性化反向引物):cgcgttatcgctctgaaagtac
P-T7sp6-F(线性化正向引物):aaacgaattcgggctcggtac
配置反应体系:
2×CisPfu HiFi PCR mix (E0102S) | 10 μL |
pFN19K模板(免费索取) | 1 μL |
正向引物(10 μM) | 0.5 μL |
反向引物(10 μM) | 0.5 μL |
water to 20 μL |
反应条件:
预变性 98 ℃ | 2 min |
PCR 反应 98 ℃ | 10 s |
退火56℃ | 30 s |
延伸 68℃ | 1 min 25个循环 |
68 ℃ | 5 min |
电泳切胶回收,片段大小4000左右。
Part
2
基因克隆
正向引物设计:ttCAGAGCGATAACGCG+ 基因ATG开始上游引物
反向引物设计:cgAGCCCGAATTCGTTT+基因下游引物TAA结束(反向互补)
配置反应体系:
2×CisPfu HiFi PCR mix (E0102S) | 10 μL |
转录因子模板 | 1 μL |
正向引物(10 μM) | 0.5 μL |
反向引物(10 μM) | 0.5 μL |
water to 20 μL |
反应条件:
预变性 98 ℃ | 2 min |
PCR 反应 98 ℃ | 10 s |
退火(Tm-3)℃ | 30 s |
延伸 68℃ | 1 min 30个循环 |
68 ℃ | 5 min |
电泳切胶回收片段。
Part
3
连接转化
重组反应配制反应体系如下:
Fast DNA Assembly Mix | 5 μL |
转录因子片段 | 10 ng |
线性化载体 | 10 ng |
灭菌水 up to 10 μL |
反应温度为 50℃ 5min。
将克隆用的化学感受态细胞置于冰上解冻。
取 5 - 10 μL 连接产物加入到 100 μL 感受态细胞中,轻弹管壁混匀 ( 请勿振荡混匀 ),冰上静置 30 min。注意:连接产物转化体积最多不应超过所用感受态细胞体积的 1/10。
42℃水浴热激 60 sec 后,立即置于冰上冷却2 min。
加入900 μL SOC 或 LB 液体培养基 ( 不添加抗生素 ),37℃摇菌 1 h ( 转速 200 rpm)。
10000 rpm 离心 1min,弃掉900 μL 上清。用剩余培养基将菌体重悬,用无菌涂布棒在含有卡那霉素抗性的平板上轻轻涂匀。
37℃培养箱中倒置培养 12 - 16 h。
阳性克隆测序鉴定,提取质粒。
Part
4
附录
1 测序引物pT7SP6-cx-F:tgcaaggctgtggacatcgg
2 pFN19K模板索取登记电话:13826269811
3 原始载体序列信息
Ggatctcgatcccgcgaaattaatacgactcactatagggtacgatttaggtgacactatagaataaggagaattcatcatggcagaaatcggtactggctttccattcgacccccattatgtggaagtcctgggcgagcgcatgcactacgtcgatgttggtccgcgcgatggcacccctgtgctgttcctgcacggtaacccgacctcctcctacgtgtggcgcaacatcatcccgcatgttgcaccgacccatcgctgcattgctccagacctgatcggtatgggcaaatccgacaaaccagacctgggttatttcttcgacgaccacgtccgcttcatggatgccttcatcgaagccctgggtctggaagaggtcgtcctggtcattcacgactggggctccgctctgggtttccactgggccaagcgcaatccagagcgcgtcaaaggtattgcatttatggagttcatccgccctatcccgacctgggacgaatggccagaatttgcccgcgagaccttccaggccttccgcaccaccgacgtcggccgcaagctgatcatcgatcagaacgtttttatcgagggtacgctgccgatgggtgtcgtccgcccgctgactgaagtcgagatggaccattaccgcgagccgttcctgaatcctgttgaccgcgagccactgtggcgcttcccaaacgagctgccaatcgccggtgagccagcgaacatcgtcgcgctggtcgaagaatacatggactggctgcaccagtcccctgtcccgaagctgctgttctggggcaccccaggcgttctgatcccaccggccgaagccgctcgcctggccaaaagcctgcctaactgcaaggctgtggacatcggcccgggtctgaatctgctgcaagaagacaacccggacctgatcggcagcgagatcgcgcgctggctgtcgacgctcgagatttccggcgagccaaccactgaggatctgtactttcagagcgataacgcg(载体扩增R引物位置) atcgccatggaataagtaaggaatccacatggcacaggttatcaacacgtttgacggggttgcggattatcttcagacatatcataagctacctgataattacattacaaaatcagaagcacaagccctcggctgggtggcatcaaaagggaaccttgcagacgtcgctccggggaaaagcatcggcggagacatcttctcaaacagggaaggcaaactcccgggcaaaagcggacgaacatggcgtgaagcggatattaactatacatcaggcttcagaaattcagaccggattctttactcaagcgactggctgatttacaaaacaacggaccattatcagacctttacaaaaatcagataatgttt(载体扩增F引物位置)aaacgaattcgggctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagctgatccggctgctaacaaagcccgaaaggaagctgagttggctgctgccaccgctgagcaataactagcataaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactagcataaccccttggggcctctaaacgggtcttgaggggttttttgctgaaaggaggaactatatccggttcgcttgctgtccataaaaccgcccagtctagctatcgccatgtaagcccactgcaagctacctgctttctctttgcgcttgcgttttcccttgtccagatagcccagtagctgacattcatccggggtcagcaccgtttctgcggactggctttctacgtgttccgcttcctttagcagcccttgcgccctgagtgcttgcggcagcgtgagcttcaaaagaattgccagctggggcgccctctggtaaggttgggaagccctgcaaagtaaactggatggctttcttgccgccaaggatctgatggcgcaggggatcaagatctgatcaagagacaggatgacggtcgtttcgcatgcttgaacaagatggattgcacgcaggttctccggccgcttgggtggagaggctattcggctatgactgggcacaacagacaatcggctgctctgatgccgccgtgttccggctgtcagcgcaggggcgcccggttctttttgtcaagaccgacctgtccggtgccctgaatgaactgcaggacgaggcagcgcggctatcgtggctggccacgacgggcgttccttgcgcagctgtgctcgacgttgtcactgaagcgggaagggactggctgctattgggcgaagtgccggggcaggatctcctgtcatctcaccttgctcctgccgagaaagtatccatcatggctgatgcaatgcggcggctgcatacgcttgatccggctacctgcccattcgaccaccaagcgaaacatcgcatcgagcgagcacgcactcggatggaagccggtcttgtcgatcaggatgatctggacgaagagcatcaggggctcgcgccagccgaactgttcgccaggctcaaggcgcgtatgccggatggtgaggatctcgtcgtgactcatggcgatgcctgcttgccgaatatcatggtggaaaatggccgcttttctggattcatcgactgtggccggctgggtgtggcggaccgctatcaggacatagcgttggctacccgtgatattgctgaagagcttggcggcgaatgggctgaccgcttcctcgtgctttacggtatcgccgctcccgattcgcagcgcatcgccttctatcgccttcttgacgagttcttctgagcgggactctggggttcgaaatgaccgaccaagcgacgcccaaccggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcatagctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatttcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctagatccttttatagtccggaaatacaggaacgcacgctggatggcccttcgctgggatggtgaaaccatgaaaaatggcagcttcagtggattaagtgggggtaatgtggcctgtaccctctggttgcataggtattcatacggttaaaatttatcaggcgcgattgcggcagtttttcgggtggtttgttgccatttttacctgtctgctgccgtgatcgcgctgaacgcgttttagcggtgcgtacaattaagggattatggtaaatccacttactgtctgccctcgtagccatcgagataaaccgcagtactccggccacgatgcgtccggcgtagaggatcgagatcttttcagcctgatacagattaaatcagaacgcagaagcggtctgataaaacagaatttgcctggcggcagtagcgcggtggtcccacctgaccccatgccgaactcagaagtgaaacgccgtagcgccgatggtagtgtggggtctccccatgcgagagtagggaactgccaggcatcaaataaaacgaaaggctcagtcgaaagactgggcctttcgttttatctgttgtttgtcggtgaacgctctcctgagtaggacaaatccgccgggagcggatttgaacgttgcgaagcaacggcccggagggtggcgggcaggacgcccgccataaactgccaggcatcaaattaagcagaaggccatcctgacggatggcctttttgcgtttctacaaactcttttgtttatttttctaaatacattcaaatatgtatccgctcat