13826269811

新闻

打破极限 让你的生活更便捷

DAP-seq 之载体构建
来源: | 作者:EPI VAN | 发布时间: 2021-05-10 | 2526 次浏览 | 分享到:

DAP-seq实验用到的蛋白表达系统是promega公司的TNTSP6 Wheat Germ Master Mix表达系统(promega  L326A),一种体外真核蛋白表达系统。体外表达用到的载体为promega公司的pFN19K HaloTag® T7 SP6 Flexi® Vector(promegaG184A)。本篇为大家介绍一套超高性价比的载体构建方案:

Part

1


线性化载体


此步骤是通过PCR扩增来线性化载体,PCR后需要切胶回收降低假阳性。

 P-T7sp6-R(线性化反向引物):cgcgttatcgctctgaaagtac

 P-T7sp6-F(线性化正向引物):aaacgaattcgggctcggtac


配置反应体系:

2×CisPfu HiFi PCR mix (E0102S)  

10 μL

pFN19K模板(免费索取)  

1 μL 

正向引物(10 μM) 

 0.5 μL

反向引物(10 μM)

 0.5 μL

water to 20 μL


反应条件:

预变性 98 ℃

2 min 

PCR 反应 98 ℃ 

10 s

退火56℃  

30 s 

延伸 68℃ 

1 min     25个循环

68 ℃            

5 min 

电泳切胶回收,片段大小4000左右。


Part

2


基因克隆


正向引物设计:ttCAGAGCGATAACGCG+ 基因ATG开始上游引物

反向引物设计:cgAGCCCGAATTCGTTT+基因下游引物TAA结束(反向互补)


配置反应体系:

2×CisPfu HiFi PCR mix  (E0102S) 

10 μL

转录因子模板 

1 μL

正向引物(10 μM)

0.5 μL 

反向引物(10 μM)

0.5 μL 

water to 20 μL


反应条件:

预变性 98 ℃ 

2 min 

PCR 反应 98 ℃ 

10 s 

退火(Tm-3)℃ 

30 s 

延伸 68℃

1 min   30个循环

68 ℃ 

5 min 

电泳切胶回收片段。

Part

3


连接转化


重组反应配制反应体系如下: 

Fast DNA Assembly Mix  

5 μL

转录因子片段    

10 ng

线性化载体   

10 ng 

灭菌水 up to 10 μL 


反应温度为 50℃ 5min。

将克隆用的化学感受态细胞置于冰上解冻。

取 5 - 10 μL 连接产物加入到 100 μL 感受态细胞中,轻弹管壁混匀 ( 请勿振荡混匀 ),冰上静置 30 min。注意:连接产物转化体积最多不应超过所用感受态细胞体积的 1/10。 

42℃水浴热激 60 sec 后,立即置于冰上冷却2 min。

加入900 μL SOC 或 LB 液体培养基 ( 不添加抗生素 ),37℃摇菌 1 h ( 转速 200 rpm)。

10000 rpm 离心 1min,弃掉900 μL 上清。用剩余培养基将菌体重悬,用无菌涂布棒在含有卡那霉素抗性的平板上轻轻涂匀。

37℃培养箱中倒置培养 12 - 16 h。

阳性克隆测序鉴定,提取质粒。


Part

4


附录


1 测序引物pT7SP6-cx-F:tgcaaggctgtggacatcgg

2  pFN19K模板索取登记电话:13826269811

3 原始载体序列信息

Ggatctcgatcccgcgaaattaatacgactcactatagggtacgatttaggtgacactatagaataaggagaattcatcatggcagaaatcggtactggctttccattcgacccccattatgtggaagtcctgggcgagcgcatgcactacgtcgatgttggtccgcgcgatggcacccctgtgctgttcctgcacggtaacccgacctcctcctacgtgtggcgcaacatcatcccgcatgttgcaccgacccatcgctgcattgctccagacctgatcggtatgggcaaatccgacaaaccagacctgggttatttcttcgacgaccacgtccgcttcatggatgccttcatcgaagccctgggtctggaagaggtcgtcctggtcattcacgactggggctccgctctgggtttccactgggccaagcgcaatccagagcgcgtcaaaggtattgcatttatggagttcatccgccctatcccgacctgggacgaatggccagaatttgcccgcgagaccttccaggccttccgcaccaccgacgtcggccgcaagctgatcatcgatcagaacgtttttatcgagggtacgctgccgatgggtgtcgtccgcccgctgactgaagtcgagatggaccattaccgcgagccgttcctgaatcctgttgaccgcgagccactgtggcgcttcccaaacgagctgccaatcgccggtgagccagcgaacatcgtcgcgctggtcgaagaatacatggactggctgcaccagtcccctgtcccgaagctgctgttctggggcaccccaggcgttctgatcccaccggccgaagccgctcgcctggccaaaagcctgcctaactgcaaggctgtggacatcggcccgggtctgaatctgctgcaagaagacaacccggacctgatcggcagcgagatcgcgcgctggctgtcgacgctcgagatttccggcgagccaaccactgaggatctgtactttcagagcgataacgcg(载体扩增R引物位置) atcgccatggaataagtaaggaatccacatggcacaggttatcaacacgtttgacggggttgcggattatcttcagacatatcataagctacctgataattacattacaaaatcagaagcacaagccctcggctgggtggcatcaaaagggaaccttgcagacgtcgctccggggaaaagcatcggcggagacatcttctcaaacagggaaggcaaactcccgggcaaaagcggacgaacatggcgtgaagcggatattaactatacatcaggcttcagaaattcagaccggattctttactcaagcgactggctgatttacaaaacaacggaccattatcagacctttacaaaaatcagataatgttt(载体扩增F引物位置)aaacgaattcgggctcggtacccggggatcctctagagtcgacctgcaggcatgcaagctgatccggctgctaacaaagcccgaaaggaagctgagttggctgctgccaccgctgagcaataactagcataaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaactagcataaccccttggggcctctaaacgggtcttgaggggttttttgctgaaaggaggaactatatccggttcgcttgctgtccataaaaccgcccagtctagctatcgccatgtaagcccactgcaagctacctgctttctctttgcgcttgcgttttcccttgtccagatagcccagtagctgacattcatccggggtcagcaccgtttctgcggactggctttctacgtgttccgcttcctttagcagcccttgcgccctgagtgcttgcggcagcgtgagcttcaaaagaattgccagctggggcgccctctggtaaggttgggaagccctgcaaagtaaactggatggctttcttgccgccaaggatctgatggcgcaggggatcaagatctgatcaagagacaggatgacggtcgtttcgcatgcttgaacaagatggattgcacgcaggttctccggccgcttgggtggagaggctattcggctatgactgggcacaacagacaatcggctgctctgatgccgccgtgttccggctgtcagcgcaggggcgcccggttctttttgtcaagaccgacctgtccggtgccctgaatgaactgcaggacgaggcagcgcggctatcgtggctggccacgacgggcgttccttgcgcagctgtgctcgacgttgtcactgaagcgggaagggactggctgctattgggcgaagtgccggggcaggatctcctgtcatctcaccttgctcctgccgagaaagtatccatcatggctgatgcaatgcggcggctgcatacgcttgatccggctacctgcccattcgaccaccaagcgaaacatcgcatcgagcgagcacgcactcggatggaagccggtcttgtcgatcaggatgatctggacgaagagcatcaggggctcgcgccagccgaactgttcgccaggctcaaggcgcgtatgccggatggtgaggatctcgtcgtgactcatggcgatgcctgcttgccgaatatcatggtggaaaatggccgcttttctggattcatcgactgtggccggctgggtgtggcggaccgctatcaggacatagcgttggctacccgtgatattgctgaagagcttggcggcgaatgggctgaccgcttcctcgtgctttacggtatcgccgctcccgattcgcagcgcatcgccttctatcgccttcttgacgagttcttctgagcgggactctggggttcgaaatgaccgaccaagcgacgcccaaccggtatcagctcactcaaaggcggtaatacggttatccacagaatcaggggataacgcaggaaagaacatgtgagcaaaaggccagcaaaaggccaggaaccgtaaaaaggccgcgttgctggcgtttttccataggctccgcccccctgacgagcatcacaaaaatcgacgctcaagtcagaggtggcgaaacccgacaggactataaagataccaggcgtttccccctggaagctccctcgtgcgctctcctgttccgaccctgccgcttaccggatacctgtccgcctttctcccttcgggaagcgtggcgctttctcatagctcacgctgtaggtatctcagttcggtgtaggtcgttcgctccaagctgggctgtgtgcacgaaccccccgttcagcccgaccgctgcgccttatccggtaactatcgtcttgagtccaacccggtaagacacgacttatcgccactggcagcagccactggtaacaggattagcagagcgaggtatgtaggcggtgctacagagttcttgaagtggtggcctaactacggctacactagaaggacagtatttggtatctgcgctctgctgaagccagttaccttcggaaaaagagttggtagctcttgatccggcaaacaaaccaccgctggtagcggtggtttttttgtttgcaagcagcagattacgcgcagaaaaaaaggatttcaagaagatcctttgatcttttctacggggtctgacgctcagtggaacgaaaactcacgttaagggattttggtcatgagattatcaaaaaggatcttcacctagatccttttatagtccggaaatacaggaacgcacgctggatggcccttcgctgggatggtgaaaccatgaaaaatggcagcttcagtggattaagtgggggtaatgtggcctgtaccctctggttgcataggtattcatacggttaaaatttatcaggcgcgattgcggcagtttttcgggtggtttgttgccatttttacctgtctgctgccgtgatcgcgctgaacgcgttttagcggtgcgtacaattaagggattatggtaaatccacttactgtctgccctcgtagccatcgagataaaccgcagtactccggccacgatgcgtccggcgtagaggatcgagatcttttcagcctgatacagattaaatcagaacgcagaagcggtctgataaaacagaatttgcctggcggcagtagcgcggtggtcccacctgaccccatgccgaactcagaagtgaaacgccgtagcgccgatggtagtgtggggtctccccatgcgagagtagggaactgccaggcatcaaataaaacgaaaggctcagtcgaaagactgggcctttcgttttatctgttgtttgtcggtgaacgctctcctgagtaggacaaatccgccgggagcggatttgaacgttgcgaagcaacggcccggagggtggcgggcaggacgcccgccataaactgccaggcatcaaattaagcagaaggccatcctgacggatggcctttttgcgtttctacaaactcttttgtttatttttctaaatacattcaaatatgtatccgctcat